Heydər Əliyev 1990-cı il yanvarın 19-dan 20-nə keçən gecə sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar, yanvarın 21-də Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb edib. O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk edib.
1990-cı il iyulun 20-də Bakıya qayıdan Heydər Əliyev iki gün sonra Naxçıvana yola düşüb, həmin ildə də Azərbaycan SSR xalq deputatı və Naxçıvan MSSR xalq deputatı seçilib.
1991-ci il sentyabrın 3-də Heydər Əliyev Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Sovetinin sədri seçilib və müvafiq qanunvericiliyə əsasən, həm də Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olub. Bu vəzifədə o, 1993-cü ilə kimi çalışıb.
Heydər Əliyev 1992-ci il noyabrın 21-də Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis konfransında partiyanın sədri seçilib.
1993-cü ilin may-iyun aylarında ölkədə vətəndaş müharibəsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandığına görə, Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbini irəli sürüb və ölkənin ozamankı rəhbərliyi onu Bakıya dəvət etməyə məcbur olub.
Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin sədri seçilib, iyunun 24-dən isə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başlayıb.
1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib.
O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən seçkidə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib.
2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkisində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar namizədliyini İlham Əliyevin xeyrinə geri götürüb.
2003-cü il dekabrın 12-də Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyev Amerika Birləşmiş Ştatlarının Klivlend Klinikasında vəfat edib və dekabrın 15-də Bakıda, Fəxri xiyabanda dəfn olunub.
Heydər Əliyev beş dəfə keçmiş SSRİ-nin Lenin ordeni ilə, Qırmızı Ulduz ordeni və çoxsaylı medallarla təltif edilib, iki dəfə Sosialist Əməyi Qəhrəmanı adına, həmçinin müxtəlif ölkələrin ali mükafatlarına, nüfuzlu ali məktəblərin fəxri adlarına layiq görülüb.
Prezident İlham Əliyevin 2022-ci ilin 29 sentyabrında imzaladığı Sərəncamla Azərbaycanda 2023-cü il "Heydər Əliyev İli” elan edilib.
